居正、胡槚当然知道没有海瑞上疏的事，但是在揣摩伪疏作者的时候，大家都想到吴仕期。居正一面把胡槚底奏疏搁起。一面再和他说：
承示狂犯之狱，不胜骇异，诈传诏旨，律有明条，彼自罹于辟，谁得而贳之！但详其伪疏之意，不过以海君为世望人，故托之以阴鼓异类，窥窃虚名，而不知先陷于大辟之罪，所谓喷血以自污，求名而不得，可恶也，亦可哀也。近年以来，人心不正，邪说横行，包藏祸心，欲伤善害正者何限，特斯人不幸而败露耳。大疏一上，主上必且震怒，根求党与，其所芟除，将恐不止斯人，虽群小自作之孽，无所归咎，然于宇宙太和之气，得无少损乎？吾闻国君不仇匹夫，虮虱之流，杀之不武。公若不以告我，死生惟命，不敢与闻，今既已知之，则愿以解网之仁，乞之于左右。大疏特令差人停进，惟高明裁之。（书牍十一《答操江胡玉吾》）
仕期这时已入太平府狱中，胡槚正在等待上疏的结果。居正复书来了以后，胡槚看清居正不愿株连的意思，当然他再给信宗武。七天以后，仕期果然在太平狱中被笞身死。一件刑事重案就算用政治处分结束了。对于这一件事，胡槚、龙宗武都应当负责，就是居正也不免要负道义的责任，但是他最初只是不愿株连，却想不到会发生严重的后果。
万历五年十一月到了，黄星底苍白色的光芒，还是向东北直射。就在这一月，再由神宗下诏考察京官。本来京官是照例六年考察一度的；不在京察之年，举行京察的，称为“闰察”。武宗时代，宦官刘瑾当权的时候，阉党吏部尚书张彩请不时考察京官，留下一个恶例，现在是居正运用这个恶例的时候了。居正本来不相信自然界的现象对于人事会有什么关系的。他自己不曾说过吗？“夫天道玄远，灾祥之应，皆未可知。孤尝学此于天官氏矣，考其占验，咸属茫昧。”（书牍九《答河道吴自湖》）所以他假借星变的名义，举行闰察，排除异己，不能不算是一种褊狭的行为。在这一次京察，主张维持纲常名教的调任南京礼部尚书何维柏罢职了，请令居正驰驿奔丧的南京操江御史张岳罢职了，疏救吴中行等的侍读赵志皋，调任南京国子司业张位也罢职了。居正死后，吏部尚书杨巍疏称“六年京察、祖制也，若执政有所驱除，非时一举，谓之闰察，群情不服，请永停闰察。”万历十三年，永停闰察，便是这一次的后果。
万历五年九月以后，居正在百感俱集的当中，决定了两件大事：第一是河漕机构的合并，第二是各省田亩的清丈。
明代对于河、漕的事务，最初分属于两个机构，河道总督专管黄河，漕运总督专管漕运。其后漕运总督兼管淮安以下入海的河道，而淮安以上仍属河道总督。但是从淮安到茶城，借河为漕，河道总督底职权，只能管到这一段的黄河，对于河南以上的黄河，其实没有管到，当时也没有整理黄河上游的主张。因此河、漕两个机构，永在摩擦的当中。这是一向的事实。万历四、五年间，河道总督傅希挚更和漕运总督吴桂芳不断地争执。五年九月，调山东巡抚李世达为河道总督。调河道总督傅希挚为陕西巡抚。居正以为有了办法，但是随即发现这是制度的问题，不是人的问题。十月中，再把世达调开，命桂芳兼理河、漕。六年正月，升桂芳为工部尚书，兼都察院右副都御史，总理河、漕、提督军务。（《明史·河渠志》“五年命桂芳为工部尚书兼理河漕。”语误。兼理河、漕在五年、进工部尚书在六年。明《万历实录》、《明史稿》及《明史·吴桂芳传》语皆合。）河、漕两个机构，到此正式合并。六年之初，居正有信给桂芳说：
治河之役，朝廷以付托于公者甚重。……承示，恐流言之摇惑，虑任事之致怨。古人临事而惧，公今肩巨任事，安得不为兢兢？若夫流议怨谤，则愿公勿虑焉。孤浅劣无他肠，唯一念任贤保善之心，则有植诸性而不可渝者。若诚贤者也，诚志于国家者也，必多方引荐，始终保全，虽因此冒险蒙谤，亦无闷焉。顾近一、二当事者，其始未尝不锐，至中路反为人所摇，自乖其说，或草率以塞责，或自障于垂成。此岂庙堂不为主持而流谤之果足为害耶？子产曰，“政如农功，日夜以思之，思其始而图其终，行无越思，如农人之有畔。”愿公审固熟虑，集思广益，计定而后发，发必期成。至于力排众议，居中握算，则孤之责也。使孤得请而归，后来之事，诚不可知；若犹未也，则公可无虑矣。（书牍十《答河道司空吴自湖言任人任事》）
不幸就在六年正月桂芳病死，随后再命潘季驯为右都御史兼工部左侍郎、总理河漕，至此河、漕方面得到一个正当的解决。
明代以前，国家岁入，以赋役为大宗，赋是田赋，役是丁役。要整顿国家底收人，便要从调查田地和户口人手。滕文公要行仁政，使毕战问孟子，请他指示井地的办法。孟子说：“子之君将行仁政，选择而使子，子必勉之。夫仁政必自经界始。经界不正，井地不钧，谷禄不平，是故暴君汙吏必慢其经界。经界既正，分田制禄，可坐而定也。”孟子这几句话，固然透露他对于井田的理想，但是行仁政必自经界始，是一句颠扑不破的话。当时推有把田地、丁口，调查清楚以后，人民底担负才能平均，不至于有一部分逃避责任，另一部分加重担负的流弊。
太祖洪武二十六年的调查；户一千六百五万二千八百六十，口六千五十四万五千八百十二，田八百五十万七千六百二十三顷。到孝宗弘治四年重行调查的时候，中间经过九十八年的休养生息，贵州又经开辟，无论丁口和田地方面，都应当有巨额的增加，但是实得的只有户九百十一万三千四百四十六，口五千三百二十八万一千一百五十八，田六百二十二万八千五十八顷。（田土调查在弘治十五年。《明史·食货志》载天下土田止四百二十二万八千五十八顷。嘉靖八年霍韬言天下额田已减强半，其言皆误。盖嘉靖间修《会典》设以六百余万顷为四百余万顷。今以万历本《会典》考之，应作六。）这里的结论不是丁口、田地底减少而只是担负赋税的丁口、田地减少了。豪门的家奴，两京的匠役，都免除了役底义务，于是便有卖身投靠和冒充匠役的人民；再不然，便行贾四方，举家舟居，调查户口的也就无从着手。至于田地，也有拨归王府的，也有隐托豪宗的；再不然，在治安有问题的地方，当然更谈不上征收。担负赋税的丁口、田地减少，一切的责任又加到其余的人民身上，更加造成政治上的不平。万历五年十一月，居正疏请调查户口、田地，凡庄田、民田、职田、荡地、牧地，一概从实丈量，限三载竣事。（《明史纪事本末》作万历五年十一月，《明史·食货志》作万历六年，《明纪》作万历七年十一月。按万历本《明会典》卷十七有万历六年田土实数。盖疏请在五年，而开始调查则在六年。）这一件事业的完成，在居正归葬以后，姑且不谈。万历九年，萧廪为陕西巡抚，尽管诏书严催调查隐田，萧廪吩咐部下只要和旧额相等，无须多报。（《明史》卷二二七《萧廪传》）史册流传，以为美谈。其实对于少数人的宽容，恰恰增加多数人的担负，这一点最简单的政治常识，当时人没有看到，反而认为居正底主张，过于苛刻，不能不算是历史上的怪事。
万历六年到了，大婚改在二月，筹备的程序，着着进行。正月间司礼监文书官邱得用口传圣旨，奉圣母慈谕；“这大礼，还著元辅一行，以重其事。”又说；“忠孝难以两尽，先生一向青衣角带办事，固是尽孝；但如今吉期已近，先生还宜暂易吉服，在阁办事，以应吉典，出到私宅，任从其便。”大婚便得钦定问名纳采使两人：按当时的资望，正使当然是英国公张溶，副使便是居正。慈圣皇太后赐居正坐蟒、胸背蟒衣各一袭，吩咐自正月十九日起，吉服办事。不料户科给事中李涞上疏，认为居正有服，不宜参加吉礼，请求改命。神宗随即谕示居正：
昨李涞说，大婚礼不宜命先生供事。这厮却不知出自圣母面谕朕说，先生尽忠尽不的孝。重其事，才命上公元辅执事行礼。先生岂敢以臣下私情，违误朝廷大事。先朝夺情起复的，未闻不朝参居官食禄，今先生都辞了，乃这大礼亦不与，可乎？看来今小人包藏祸心的还有，每遇一事，即借言离间。朕今已鉴明了，本要重处他，因时下喜事将近，姑且记着，从容处他。先生只遵圣母慈谕要紧，明日起暂从吉服，勿得因此辄事陈辞。（见奏疏六《请别遣大臣以重大礼疏》）
这是正月十八日的事，经过一度疏辞以后，居正暂从吉服，照常办事。
穆宗逝世以后，慈圣皇太后一向住在乾清宫，对于神宗，尽监护的责任。现在大婚期近，皇太后退居慈宁宫，一面谕示神宗：
说与皇帝知道，尔婚礼将成，我当还本宫，凡尔动静食息，俱不得如前时闻见训教，为此忧思。尔一身为天地神人之主，所系非轻。尔务要万分涵养，节饮食，慎起居，依从老成人谏劝，不可溺爱衽席，任用匪人，以贻我忧。这个便可以祈天永命，虽虞舜大孝，不过如此。尔敬承之，勿违。（见奏疏六《乞遵守慈谕疏》）
同时慈圣太后赐居正坐蟒、蟒衣各一袭、彩段八表里、银二百两，又颁慈谕：
皇帝大婚礼在迩，我当还本宫，不得如前时常常守著照管，恐皇帝不似前向学勤政，有累盛德，为此深虑。